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-- [一般文學]生物資訊-網路資源 (http://localhost/phpwind//read.php?fid=115&tid=2568)

-- 作者：kof
-- 發佈時間：2005 04 16 1:53 AM

-- [一般文學]生物資訊-網路資源

研究排序資料庫:
NCBI… http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
完整排序基因資料庫: http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/genome.html
研究結構資料庫:
瑞士生物資訊研究所之蛋白質專業分析系統、ExPaSy : http://www.expasy.ch/
日本 DDBJ… http://www.ddbj.nig.ac.jp/
美國國家蛋白質 http://pir.georgetown.edu/
日本蛋白質 http://www.prf.or.jp/en/
美國蛋白質 PDB http://www.rcsb.org/pdb/
基因與遺傳訊息資料庫:
Human Genome Sequencing center: http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/HGSC_home.html
果蠅基因資料庫: http://flybase.bio.indiana.edu/
應用工具資料庫:
歐洲分子EMBL(位在德國) http://www.ebi.ac.uk/genomes/
比利時日內瓦大學(swiss-prot) http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
美國virginia大學 FASTA http://fasta.bioch.virginia.edu/
搜尋有open reading frame (ORF)工具 ORF finder: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/
功能分析工具:
KEGG (京都基因) http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg3.html
最新基因解碼與統計資料(GOLD) http://ergo.integratedgenomics.com/GOLD/
研究成果之 DNA排序資料上傳:
經由http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ 傳至美國國家生技資訊中心
基因或蛋白質序列比對:
BLAST… http://www.geospiza.com/outreach/BLAST/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
二段以上DNA或胺酸排序比較: CLUSTALW
http://www2.ebi.ac.uk/clustalw/
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.html
http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/lalign2.htm
蛋白質2-D與3-D結構的測定:
RasMol http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm 軟體
Chime http://www.umass.edu/microbio/chime/ 軟體
Protein explor http://www.umass.edu/microbio/chime/explorer/index.htm 軟體
Kinemage http://kinemage.biochem.duke.edu/ 軟體
ATLAS http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/NDBATLAS/index.html 軟體
Cn3D http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3dwin.shtml 軟體
已有的蛋白質結構查詢 MMDB
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml
http://ca.expasy.org/tools/
結構推測比賽:
http://predictioncenter.llnl.gov/casp4/
http://www.ebi.ac.uk/proteome/
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/NDBATLAS/index.html#dna
知蛋白質一級序列想知二級序列:
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html
蛋白質分子量與胺酸數量的推算: http://www.expasy.ch/tools/protparam.html
核酸與蛋白質3d資料庫: http://www.clunet.edu/BioDev/omm/exhibits.htm#displays
人類基因庫:
知道基因名稱要查在染色體上的位置 Locuslink : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/
查與疾病有關基因: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
癌症資料庫: http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/index.html
人類EST資料庫: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
演化推算:
生命樹:
http://tolweb.org/tree/phylogeny.html
http://www.ucmp.berkeley.edu/help/taxaform.html
http://www.species2000.org/
利用差異矩陣:
http://home.cc.umanitoba.ca
http://www.genebee.msu.su/services/phtree_reduced.html
PhyloBLAST
http://www.genebee.msu.su/services/malign_reduced.html
http://www.genebee.msu.su/clustal/advanced.html
PCR工具:
引子設計:
http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/cgi-bin/gf_submit?mode=STARTUP&sample=dna (上下連起來)
http://alces.med.umn.edu/rawprimer.html
引子設計原理: http://www.uct.ac.za/microbiology/pcroptim.htm
基因分析:
分析一段DNA是否為ORF: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
尋找promoter: http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
查已知真核生物之promoter排序: http://www.epd.isb-sib.ch/seq_download.html
尋找operator or enhancer: http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/signal/
尋找tRNA : http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
查詢基因(人或老鼠)在不同組織細胞中的表現情形: http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp
分析protein的胺酸比率,重覆片段,電價狀況與分佈: http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
查各種RNA功能,結構,分析軟體: http://www.imb-jena.de/RNA.html#Search
查蛋白質的功能,特性,生化反應途徑的作用: http://www.genome.ad.jp/kegg/
進入後選 d links to pathway and other atabases
將胺酸排序改為DNA排序: http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/rtranslate/index.html
查詢質體排序: http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/PLASMID/mainpage.htm
查詢原核生物基因調控組: http://www.tigr.org/tigr-scripts/operons/operons.cgi
教學網頁:
顯微鏡使用 http://dept.kent.edu/projects/cell/labs.html
分子生物,細胞學,遺傳學教學:
http://www.accessexcellence.org/AB/GG/
http://www.nhgri.nih.gov/DIR/VIP/Learning_Tools/genetic_illustrations.html
分子生物,細胞學,遺傳學實驗步聚:
http://www.nwfsc.noaa.gov/protocols/protocols.html
http://cmgm.stanford.edu/pbrown/protocols/index.html
常用化學分子資料庫: http://www.ch.ic.ac.uk/vchemlib/mol/contents.html
單糖類3d結構網: http://www.jonmaber.demon.co.uk/monosaccharide/
遺傳學教學資源網: http://gslc.genetics.utah.edu/
輸入DNA排序,得到RNA與Protein的排序: http://library.thinkquest.org/3564/dna2protein.html
生物資訊大集合: http://www.oup.com/uk/lesk/bioinf
國際有機化學學會(IUB)與國際純粹暨應用化學聯會(IUPAC)
一字縮碼(one.letter code)來表示核甘酸或胺酸公告:
http://www.chem.qmw.ac.uk/iupac/misc/naabb.html
http://www.chem.qmw.ac.uk/iupac/AminoAcid/
多重訊息比對: CLUSTAL-W程式
http://www.ebi.ac.uk/clustalw
出現訊號..」 * 「表示全部相同..若有 : 表示極相似的生化特徵、或 . 表示微相似的生化特徵.
PERL程式 bioperl 關於生物方面的: http://bio.perl.org/
基本常識區:
生物資訊站名來源 http://www.ndhu.edu.tw/~life-science/401.htm
基因名詞解釋 http://dlm.tmu.edu.tw/phase2/glossary/glossary.htm
期刊找尋:
中研究生圖 http://www.sinica.edu.tw/lib/lsl/ejournal/ej_fc.htm 含查點數
台大電子期刊 http://dbs.lib.ntu.edu.tw/cgi-bin/ej/browse.cgi
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI之pubMed的免費資料全集: http://www.pubmedcentral.nih.gov/
http://workbench.sdsc.edu/ 生物資訊工作平台
國家圖書館資料庫全國博碩論文: http://readopac.ncl.edu.tw/cgi/searchtest
美國農業圖書館網站: http://www.nal.usda.gov/ag98/ag98.html

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